Issu de l'union entre une humaine et un Yomu, Akihito est un adolescent doté d'un pouvoir régénération lui permettant de survivre à n'importe quelle blessure. Alors qu'il marche près de son établissement scolaire, il aperçoit une jeune fille en haut du bâtiment semblant vouloir se suicider. Tandis qu'il essaie de l'en dissuader, celle-ci lui plante sans prévenir une épée en plein cœur. Ainsi fait-il la connaissance de Mirai Kuriyama, dernière héritière d'un pouvoir craint par l'ensemble des yomu, celui de contrôler son sang et d'en faire une arme capable de tout anéantir. Toujours isolée depuis son enfance, Kuriyama est toutefois incapable de détruire les youmu maléfiques en raison d'un incident du passé. Akihito tentera alors de lui faire surmonter son trauma en lui apportant le soutien qu'elle n'a jamais eu.

Il y a deux ans, Junichi Tachibana avait rendez-vous avec une fille le soir de Noël. Mais, sans savoir pourquoi, celle-ci ne vint jamais, et son cœur en fut brisé. Depuis, par peur de se faire rejeter de nouveau, il n'a jamais eu le courage de proposer à une autre fille de sortir avec lui. Et à chaque fois que la date de Noël approche, il se sent déprimé. Mais la vie regorge de surprises. Cette année, il fera des rencontres qui le pousseront à changer d'avis et à passer un Noël rempli de bonheur.  Amagami SS propose ainsi de suivre plusieurs histoires d'amour parallèles impliquant Junichi, en commençant par celle avec Haruka Morishima, et avec à chaque fois la même situation de départ. 

Alors que le titre nous suggère une simple histoire à propos de la vie scolaire de tous les jours, le contenu est tout autre. L'intrigue se passe dans une école étrange où l'on peut voir le principal lutter contre un chevreuil ou un robot dont le bras contient un cake roulé. Nichijou reste cependant une histoire classique, où les personnages créent des châteaux de cartes ou passent des examens sans avoir révisé. L'anime s'inscrit dans un style mignon tout en conservant des scènes d'action et d'humour décalé.

Ayant toujours préféré rester à l’écart de ses camarades, Yukiteru Amano (Yuki), est un collégien qui se décrit comme étant un observateur. Il a même pris l’habitude de consigner tout ce qu’il voit dans son téléphone portable, en quelque sorte son journal intime. Il s’est également inventé un monde bien à lui, et c’est dans cet univers imaginaire qu’il a ses seuls amis : Deux Ex Machina, le dieu du Temps et de l’Espace, et Murmur, sa facétieuse servante. Mais un jour, Deus lui annonce qu’il prépare un « jeu » intéressant… Et voilà Yuki entraîné dans une cauchemardesque « course contre la mort » où chacun des participants peut voir écrit l’avenir dans son portable et doit éliminer les autres pour obtenir la place de Deus…